Обучение в лицее направлено на углубленное изучение профильных естественно-научных дисциплин, развитие способностей и склонностей обучающихся, раннюю профессиональную подготовку медицинских работников. Лицей тесно сотрудничает с Ростовским государственным медицинским университетом, Южным федеральным университетом, Ростовским научно-исследовательским онкологическим институтом, Ростовским научно-исследовательским институтом акушерства и педиатрии, Ростовским базовым медицинским колледжем.
Для обеспечения высокого качества обучения в рамках пилотного проекта «Новые технологии в образовании» приобретено учебно-лабораторное оборудование для естественно-научной и биологической лабораторий. Лицей оснащен мобильной естественно-научной лабораторией «ЛабДиск физика», наноэдюкатором, который представляет собой комплект современных исследовательских приборов, спроектированный для проведения междисциплинарных учебно-исследовательских занятий и выполнения проектов. Школьная лаборатория на базе наноэдюкатора позволяет пользователям вступать в школьные ассоциации, такие как школьная лига Роснано и школа Росатома. В лицее создано волонтерское медицинское движение «Алые паруса». Подготовлена группа волонтеров-активистов из числа старшеклассников для проведения различных акций с целью формирования у лицеистов стремления к здоровому образу жизни и профилактики социально значимых заболеваний.
В рамках работы этого движения лицей сотрудничает с Министерством здравоохранения Ростовской области, Донской Государственной публичной библиотекой, организациями Dance4life, «Молодые медики Дона». Только за 2013 год активисты движения приняли участие в десятке акций по продвижению добровольного донорства, профилактике ВИЧ/СПИД, туберкулеза.

Досье
С 2008 года руководит лицеем Потатуева Валентина Олеговна — потомственный врач в третьем поколении. 13 лет она проработала районным педиатром в Родионо-Несветайском районе области. Получила второе высшее образование. Валентина Потатуева — учитель высшей квалификационной категории, победитель конкурса лучших учителей России в рамках приоритетного национального проекта «Образование», победитель муниципального этапа и лауреат Всероссийского конкурса «Директор школы-2012».

Справка
В 2013 году лицей стал победителем Всероссийского конкурса «100 лучших предприятий и организаций России-2013» в номинации «Лучшее учебное учреждение».
В 2014 году по итогам Всероссийской независимой общественно-профессиональной оценки качества инновационной деятельности лицею № 11 «Естественнонаучному» г. Ростова-на-Дону присвоен общественно-профессиональный статус «Школа — лаборатория инноваций».