С целью повышения качества и доступности медпомощи на территории Вологодской области организована трехуровневая система оказания специализированной медицинской помощи. В соответствии с Порядками оказания медпомощи утверждена маршрутизация, определен порядок взаимодействия между медицинскими организациями.

В медучреждениях области развивается оказание высокотехнологичной медпомощи — девять медорганизаций имеют лицензии на оказание ВМП. За 2016 г. в рамках территориальной программы ОМС учреждениями здравоохранения области была оказана ВМП 1901 пациенту (в 2015 г. — 1685 пациентам). ВМП осуществляется по таким профилям, как сердечно-сосудистая хирургия, травматология-ортопедия, абдоминальная хирургия, нейрохирургия, отоларингология, урология, комбустиология, офтальмология, неонатология, онкология, торакальная хирургия. 

В области активно развивается государственно-частное партнерство. Реализуемые проекты: развитие и модернизация службы скорой медпомощи (инвестиции в отрасль в размере 100 млн руб.), центр гемодиализа (единовременные инвестиции частного капитала в объеме 98,2 млн руб.), организация работы Вологодского диабетологического центра (открыт в ноябре 2015 г.).

В регионе успешно внедряется многоуровневая межведомственная система профилактики неинфекционных заболеваний и формирования здорового образа жизни населения. Комплекс мероприятий, в том числе межведомственных, включает в себя несколько направлений. Это развитие сети Российской ассоциации по улучшению состояния здоровья и качества жизни населения «Здоровые города, районы и поселки» проекта ВОЗ «Здоровые города» во всех муниципальных образованиях области. Развитие межведомственных муниципальных программ охраны и укрепления здоровья населения «Здоровье». Развитие локальных программ укрепления здоровья и профилактики в учреждениях, организациях и предприятиях. Развитие групповых программ укрепления здоровья и профилактики на базе Школы здоровья. Разработка и внедрение профилактических технологий. Популяционный мониторинг поведенческих факторов риска неинфекционных заболеваний.