НГКПЦ — ​современное учреждение перинатологии, акушерства и гинекологии и неонатологии, оказывающее все виды специализированной, высокотехнологичной, стационарной медицинской помощи, а также осуществляющее амбулаторную, консультативно-диагностическую и медико-реабилитационную помощь женщинам и детям.

65% врачей и 72% среднего медперсонала имеют первую и высшую квалификационные категории. В медицинском коллективе — ​два доктора меднаук и 11 кандидатов.
Перинатальный центр относится к учреждениям III уровня, то есть принимает беременных высокой степени перинатального риска. В структуру медучреждения входит четыре женских консультации, одна из которых выполняет роль консультативно-диагностической поликлиники, стационар на 280 коек, состоящий из десяти отделений. Центр располагает мощной клинико-диагностической базой. Это ПЦР- и ИФА-лаборатории, бактериологическая, гистологическая лаборатории, рентгенологический кабинет, физиокабинет, отделение трансфузиологии, отдел инфекционного контроля, отделение ультразвуковой диагностики.

Для проведения пренатальной диагностики имеются стационарные ультразвуковые установки экспертного класса со спектральным доплеровским сканированием и устройствами для проведения инвазивных методов пренатальной диагностики (биопсия хориона, амниоцентез, кордоцентез).
70% в структуре операций занимают эндоскопические и микрохирургические вмешательства. 100% родов ведется под динамическим кардиомониторным наблюдением. Обезболивание в родах доступно на всех этапах родового процесса.
«В центре есть все условия и возможности для выхаживания детей с критически низкой и очень низкой массой тела», — говорит д.м.н., профессор, главврач ГБУЗ НСО «НГКПЦ» Иван Поздняков.Не менее 80% преждевременных родов Новосибирска со срока 22‑34 недели беременности проходят здесь. Сюда госпитализируются беременные для родоразрешения с пренатально-диагностированными врожденными пороками сердца у плодов. Центр тесно работает с институтом патологии кровообращения им. академика Мешалкина. До 50 новорожденных с тяжелыми врожденными пороками сердца оперируются в 1-е сутки после рождения.
На базе Новосибирского городского перинатального центра 3 года назад открыт филиал лечебно-диагностического отделения Новосибирского филиала МНТК «Микрохирургия глаза им. академика С.Н. Федорова». Совместно специалистами перинатального центра и МНТК проводится динамическое наблюдение за недоношенными новорожденными, своевременно диагностируется патология органов зрения, в том числе ретинопатия недоношенных детей, успешно проводится лазерная коагуляция сетчатки.

В НГКПЦ идет большая работа по участию семьи на этапе планирования, вынашивания беременности и родоразрешения. Успешно работает Школа материнства, где совместно с беременными проходят обучение, в том числе групповые и индивидуальные занятия с клиническими психологами, мужья и другие члены семьи.
В коллективе перинатального центра уверены, что участие врача, вежливость персонала, комфортные условия в родильном доме дают женщинам мотивацию вернуться за вторым или третьим ребенком, а это серьезный вклад в решение демографической проблемы в стране.