Кош-Агачская районная больница активно сотрудничает с санитарной авиацией. Сегодня медучреждение представлено поликлиникой на 504 посещения в смену и 4 койками дневного пребывания с работой в 2 смены, стационаром с коечным фондом из 78 круглосуточных и 16 дневных коек. В районе имеются 4 врачебные амбулатории, 7 ФАПов. С 2015 года больницей руководит Андрей Макин, врач-хирург высшей категории. В больнице работают 407 человек, из них 52 врача, 181 средний медработник, младших — 42. Обеспеченность персоналом практически стопроцентная. В 2016 году больница приобрела видеоэндоскопическую стойку. Активно ведется работа по проведению хирургических операций лапароскопическим методом.
В 2016‑2017 годах населению предложены новые виды медпомощи, в том числе проведение электрокардиографии, результаты которой можно передавать по Интернету в районную или республиканскую больницу и при необходимости получить по сложным вопросам необходимую консультацию у кардиолога, а также электроэнцефалографию, эхокардиографию, нейросоноскопию, массаж и др. Планируется в ближайшее время запустить такой вид обследования, как дуплексное сканирование сосудов. Продолжается работа по проведению тромболитической терапии при инфарктах миокарда, которая позволила сократить смертность в результате медикаментозного разрушения коронарного тромба. Кардиологическое отделение в медучреждении было организовано в 2016 году. После вспышки бубонной чумы в республике несколько лет назад все население района прошло вакцинацию. Ранее ее проводили лишь выборочно — среди охотников, животноводов, инспекторов природоохранных территорий. В прошлом году республика вошла в федеральную программу развития санавиации по проекту «Оказание экстренной медицинской помощи гражданам, проживающим в труднодоступных районах Республики Алтай». Это не просто быстрое перемещение, а шанс на спасение жизней.