В структуре ЦРБ, помимо головного подразделения со стационаром, детской поликлиникой и женской консультацией, функционируют четыре участковые больницы и пять ФАПов. 

«Большинство зданий построено давно и поэтому требуют капитального ремонта. Благодаря федеральной программе «Устойчивое развитие сельских территорий» в июне 2020 года взамен старого построен новый модульный ФАП в селе Юкагир, которое находится в 700 километрах от районного центра», — говорит главный врач ГБУ РС (Я) «Усть-Янская центральная районная больница» Матрена Потапова. Формирование современной базы для медицинского обслуживания населения, оснащение больницы передовым медоборудованием и привлечение высококвалифицированных специалистов остаются важнейшими задачами руководства Усть-Янской центральной районной больницы. В минувшем году материально-техническая база ЦРБ пополнилась новым оборудованием: обновилась клинико-диагностическая лаборатория — получены гематологический и биохимический анализаторы, аппарат ИВЛ для палаты интенсивной терапии, развернутой на базе хирургического отделения. В 2020 году, согласно программе модернизации первичной медико-санитарной помощи, Усть-Янская детская поликлиника получила ряд нового оборудования. 

Серьезные корректировки в работу учреждения внесла пандемия. В ЦРБ для приема пациентов с COVID-19 переоборудованы три койки инфекционного стационара, все они оснащены кислородом, на средства спонсоров приобретен и установлен дополнительный аппарат ИВЛ, отделение разделено на «грязную» и «чистую» зоны. В стационаре прошли лечение с новой коронавирусной инфекцией и были выписаны с выздоровлением два пациента. Диспансеризация, профилактические осмотры, плановые приемы в больнице временно приостановлены, но человек в любой момент может получить экстренную помощь, вызвав бригаду скорой помощи или терапевта, которые продолжают работать в штатном режиме. В случаях острой необходимости проводится госпитализация.