В структуру учреждения входит 15 отделений, поликлиника, женская консультация, стационар на 389 коек, где ежегодно проходят лечение до 13 тыс. пациентов.

ГКБ оказывает круглосуточную специализированную помощь по хирургии, акушерству и гинекологии, отоларингологии, неврологии, нейрореабилитации и кардиологии. Поликлиника обслуживает 44,2 тыс. жителей областного центра, женская консультация — более 61 тыс. женщин. В коллективе работают 743 сотрудника: 162 врача, 327 человек среднего медперсонала и 75 — младшего. «У нас работают лучшие врачи, это настоящие профессионалы, шесть из них имеют нагрудный знак «Отличник здравоохранения», — отмечает главный врач ГКБ № 3, кандидат медицинских наук, заслуженный врач РФ Владимир Виницкий. — Профессионализм врачей, техническое оснащение, уникальное оборудование позволяют оказывать больным высокотехнологичную медпомощь, такую как эндоларингеальные удаления образований гортани под микроскопом, стапедопластика, тимпанопластика, реконструктивные восстановительные операции на тонком и толстом кишечнике, операции при стрессовом недержании мочи у женщин любого возраста, которые проводятся по методике TVT-obturator. В 2014 году такую помощь получил 161 человек». 

Учреждение обладает внушительной материально-технической базой, в 2011 году был проведен капремонт в акушерском и кардиологическом отделениях, установлено высокоточное оборудование: современный компьютерный томограф, аппараты для проведения УЗ-исследования, кардиодиагностики. В 2014 году в ГКБ было открыто уникальное в своем роде отделение нейрореабилитации со стационаром на 30 коек. Здесь восстанавливаются пациенты после инсульта, перенесшие черепно-мозговую травму, имеющие нарушение мозгового кровообращения. Отделение оснащено ультрасовременным аппаратом — REO-амбулатором, позволяющим проводить эффективную механотерапию. Зал оснащен тренажерами MОТО-medvival, предназначенными для восстановления функции парализованных конечностей, увеличения объема движений в суставах и нормализации мышечного тонуса. Специалисты отделения помогают пациентам восстановить навыки ходьбы и вернуться к полноценной жизни.