Разветвленная структура ГБУЗ РА «Майкопская клиническая городская больница» включает 19 стационарных отделений и 10 вспомогательных отделений. Общая мощность составляет 460 коек.
В 2020 году в учреждении завершено строительство трехэтажного терапевтического корпуса. В нем расположены отделение функциональной диагностики, дневной стационар, большое терапевтическое отделение с койками для гериатрических пациентов. Также в 2020 году завершена реконструкция родильного дома с надстройкой пятого этажа и приемного отделения с входной зоной. Сейчас ведутся проектные работы по строительству трехэтажного хирургического корпуса с приемным отделением.
Основными сильными профилями в больнице являются хирургия, акушерство и гинекология, неонатология — именно по этим профилям в учреждении оказывается высокотехнологичная медицинская помощь.
В хирургии (абдоминальная хирургия) оказывается такой вид медицинской помощи, как микрохирургические, расширенные, комбинированные и реконструктивно-пластические операции на поджелудочной железе, в том числе лапароскопически ассистированные операции. В акушерстве и гинекологии — хирургическое органосохраняющее лечение женщин с несостоятельностью мышц тазового дна, опущением и выпадением органов малого таза; хирургическое органосохраняющее и реконструктивно-пластическое лечение распространенных форм гигантских опухолей гениталий, смежных органов малого таза и других органов брюшной полости у женщин с использованием лапароскопического и комбинированного доступов.
В неонатологии — выхаживание новорожденных с массой тела до 1000 грамм, включая детей с экстремально низкой массой тела при рождении, с созданием оптимальных контролируемых параметров поддержки витальных функций организма; поликомпонентная терапия синдрома дыхательных расстройств, врожденной пневмонии, сепсиса новорожденного, тяжелой церебральной патологии новорожденного.
В самом начале пандемии новой коронавирусной инфекции ГБУЗ РА «Майкопская клиническая городская больница» стало одним из первых учреждений в регионе, которые были задействованы в качестве госпиталя для лечения пациентов, инфицированных COVID-19. В борьбе с коронавирусом были задействованы все три корпуса больницы, фонд госпиталя на конец 2020 года составил 950 коек. Несмотря на тяжелые условия и возросшие нагрузки, оказание многопрофильной медицинской помощи в госпитале не прекращалось ни на день: принимались роды, в том числе родовспоможение проводилось при помощи кесарева сечения, выполнялись хирургические операции. В то же время на лечении находились больные с лабораторно подтвержденным диагнозом COVID-19 и сопутствующими патологиями, такими как инсульт и инфаркт.
Пристальное внимание в больнице уделяется повышению эффективности оказания медпомощи населению. С этой целью успешно реализуются национальный проект «Здравоохранение» и федеральные проекты «Борьба с сердечно-сосудистыми заболеваниями», «Борьба с онкологическими заболеваниями», в рамках которых закупаются медоборудование и лекарственные препараты. Так, в рамках проекта «Борьба с онкологическими заболеваниями» приобретены два биохимических анализатора, система для проведения кинезотерапии REDCORD, система для активной реабилитации верхних конечностей «ОРТОРЕНТ МОТОРИКА», тренажер с биологической обратной связью для тренировки ходьбы «Биокинект», тренажер реабилитационный для разработки суставов Kinetec Maestra, реабилитационный комплекс для функциональной терапии верхних конечностей, тренажер реабилитационный с функциональной электростимуляцией RT300-SLSA.